Foi durante os séculos 17 e 18 que o conceito de epilepsia de Hipócrates como doença do cérebro começou a criar raízes na Europa, ilustrado, por exemplo, por um "Ensaio" da patologia do estoque cérebro/nervoso: em que as doenças convulsivas são tratadas por Thomas Willis. Durante estes dois séculos, epilepsia foi uma das várias áreas chave do debate na identificação gradual e separação dos "distúrbios nervosos" de "transtornos mentais", o que levou ao início da neurologia moderna no século 19.
Uma questão importante foi o que se deveria incluir no conceito de epilepsia, ou seja, considerar todas as "doenças convulsivas periódicas" ou apenas aquelas bastante restritas a um tipo de convulsão motora com ou sem perda de consciência. Assim, muitos tratados sobre doenças convulsivas apareceram, e incluiam a histeria, tétano, tremores, calafrios e outros distúrbios do movimento paroxístico. Os últimos foram gradualmente separados de epilepsia no século 19.
Com o desenvolvimento, no século 19, da neuropatologia como uma nova disciplina, também se iniciou um grande debate, que ainda perdura, quanto à distinção entre pura epilepsia idiopática primária, em que o cérebro é macroscopicamente normal, e epilepsia sintomática secundária, associada a muitas patologias do cérebro diferenciadas.
Além disso, no século 19, com o desenvolvimento do conceito de localização funcional no cérebro e a descoberta, por exemplo, do córtex motor, o conceito de "epiléptica" ou de convulsões "parciais" surgiram como modelos para o estudo das crises generalizadas. Para estudar meticulosamente as características clínicas das unilaterais epileptiformes convulsões motoras, Jackson foi capaz de concluir, (como foi mais tarde confirmado experimentalmente), que o córtex motor estava relacionado com os movimentos em vez de músculos individuais.
Episódios paroxísticos de um tipo intelectual, emocional ou comportamental, incluindo histeria ou "histero-epilepsia", eram mais difíceis de classificar e localizar. Foi com a descoberta da eletroencefalografia humana (EEG) no século 20, que os conceitos epilepsia de lobo temporal ou frontal foram gradualmente esclarecidos e os conceitos psicológicos de histeria evoluíram.
